Jednou z najdôležitejších častí procesu úpravy vody je považovaná jej dezinfekcia, prostredníctvom ktorej je zaistená nezávadnosť vody z mikrobiologického hľadiska. Pomáha teda odstrániť z vody nebezpečné baktérie, vírusy, plesne a iné nebezpečné a škodlivé mikroorganizmy, ktoré nájdeme vo vode. Dezinfekcia vody je dôležitá na zaistenie bezpečnej pitnej vody pre rodiny i jednotlivcov a práve rôzne dezinfekčné tablety a roztoky pomáhajú eliminovať baktérie a iné patogénne organizmy z vody. Dezinfekcia vody sa vykonáva kvôli tomu, aby sa zaistil účel mikrobiologickej nezávadnosti. Na dezinfekciu vody používame dve metódy a to metódu chemickú, ako je chlórdioxid, chlórnan sodný, ozón a podobne a metódu fyzikálne takzvané UV žiarenie. Na dezinfekciu vody sa používa chlorácia vody za použitia dávkovacieho čerpadla alebo dezinfekcia vody UV žiarením pomocou UV lámp.
Oboma týmito spôsobmi dosiahneme likvidáciu baktérií, ktoré sa delia na baktérie koliformné, psychrofilné a mezofilné. Dezinfekciu vody je možné vykonať modernejším spôsobom a to je bez chlorácie, pomocou UV lámp. UV lampy sú inštalované do potrubia systému a tým je dosiahnuté zahubenie všetkých baktérií. Tento variant dezinfekcie vody je cenovo dostupnejší aj pre menšie inštalácie ako je treba v rodinných domoch, avšak dnes najbežnejšia a ekonomicky najmenej nákladná dezinfekcia vody je chlorácia vody. Chlór je chemická látka, ktorá sa už pár rokov využíva na dezinfekciu vody a to hlavne preto, lebo je chlór dokonalý v tom, že ničí vírusy, baktérie a iné mikroorganizmy, ktoré môžu byť nebezpečné pre ľudský organizmus.
Chlór sa vo forme roztoku spolu s vodou vstrekuje dávkovacím čerpadlom na hlavnom prívode vody pred tlakovou nádobou a tam sa dávka chlóru nechá vo vode pôsobiť 20 – 30 minút, kým nezahubia všetky baktérie. Množstvo dávky použitého prostriedku, doba pôsobenia a tiež následný účinok dezinfekcie vody závisí na kvalite vody, čím sa rozumie aké má fyzikálne, chemické a mikrobiologické vlastnosti. Úpravou vody dezinfekciou je možné zaistiť vodu pitnú, procesnú i odpadovú, teplú i studenú a tiež vodu pre priemysel a pre menší, či väčšie prevádzky.
